反相色譜柱填料主要以硅膠為基質(zhì)，在其表面鍵合非極性的十八烷基官能團(tuán)（ODS）稱(chēng)為C18柱，其它常用的反相柱還有C8,C4,C2和苯基柱等。另外還有離子交換柱，GPC柱，聚合物填料柱等。

　　反相色譜柱的優(yōu)點(diǎn)是固定相穩(wěn)定，應(yīng)用廣泛，可使用多種溶劑。但硅膠為基質(zhì)的填料，使用時(shí)一定要注意流動(dòng)相的PH范圍。一般的C18柱PH值范圍都在2-8，流動(dòng)相的PH值小于2時(shí)，會(huì)導(dǎo)致鍵合相的水解；當(dāng)PH值大于7時(shí)硅膠易溶解；經(jīng)常使用緩沖液固定相要降解。

　　反相色譜柱的影響因素：

　　(1)柱長(zhǎng)

　　有機(jī)小分子和肽類(lèi)的分辨率隨柱長(zhǎng)的增加而增加，但是柱長(zhǎng)增加并不能使蛋白質(zhì)和核酸等生物大分子的分辨率顯著增加，它們?cè)谳^短的柱子上往往也有很好的分離效果。

　　(2)流動(dòng)相的流速。

　　有機(jī)小分子和肽類(lèi)的分辨率對(duì)流動(dòng)相流速非常敏感。而蛋白質(zhì)和核酸等生物大分子的分辨率則不然。流速越小，柱子越長(zhǎng)，色譜峰的寬度就越大，分辨率就越小。制備色譜上樣過(guò)程中的流速對(duì)動(dòng)態(tài)吸附容量影響很大。

　　(3)溫度。

　　溫度上升，流動(dòng)相黏度下降，流動(dòng)速度加快，且流動(dòng)相與固定相之間的傳質(zhì)速度加快，使分辨率增加。同時(shí)，溫度上升，分子熱運(yùn)動(dòng)增加，疏水性作用減弱。升高溫度要考慮目標(biāo)物質(zhì)的熱穩(wěn)定性。

　　(4)流動(dòng)相組成。

　　流動(dòng)相的極性越大，溶質(zhì)的分配系數(shù)越大，洗脫時(shí)間越短。RPC多采用降低流動(dòng)相極性(水含量)的線性梯度洗脫法。水是極性較強(qiáng)的溶劑，在反相色譜中常常和基礎(chǔ)溶劑配合使用，向流動(dòng)相中加入不同濃度的、可以與水混溶的有機(jī)溶劑，以得到不同強(qiáng)度的流動(dòng)相，這些有機(jī)溶劑稱(chēng)為修飾劑。反相色譜柱中常用的有機(jī)溶劑有甲醇和乙腈。此外，乙醇、四氫呋喃、異丙醇及二氧六環(huán)也常被用作修飾劑。有機(jī)溶劑梯度的大小也會(huì)影響分辨率，一般梯度越小．分辨率越大。